Как правильно в программе 1с Бухгалтерия бюджетное учреждение отразить начисление зарплаты,страховых взносов, начисление пособия по БиР и больничного в 2016 г ,какие проводки,КПС и КЭк использовать?

Здравствуйте! Это очень объемный вопрос. В чем конкретно возникает проблема?
Если кратко, то в программе 1С: Бухгалтерия государственного учреждения 8 начисленную зарплату и страховые взносы, а также все пособия и НДФЛ заносят документом "Отражение зарплаты в учете" (находится в меню Расчеты). В табличной части документа необходимо добавлять строки, выбирать нужную операцию. Например, при выборе операции "Начисление сумм по оплате труда, денежного довольствия, компенсаций и прочих выплат", нужного КФО, КПС вида КРБ 00000000000000111 и 211 КЭК, программа автоматически проставит счет Кт 302.11, а по Дт необходимо выбрать 109.61 или 109.81 в зависимости от того, чья это зарплата. Если мы выберем операцию "Удержание НДФЛ из сумм по оплате труда, денежного довольствия, компенсаций и прочих выплат" нужный КФО, КПС вида КРБ 00000000000000111 и 211 КЭК, программа автоматически сформирует проводку Дт 302.11 Кт 303.01.
Также можно настроить выгрузку проводок из 1С: Зарплаты и кадры бюджетного учреждения 8, если в этой программе ведется учет и идет распределение по правильным счетам.